На 21 април 1915 година военното контраразузнаване се обособява като самостоятелно звено със заповед на началник-щаба на Българската войска. То първоначално е подчинено на Разузнавателния отдел при Министерството на войната.
След Деветосептемврийския преврат от 1944 година на него е възложено прочистването на армията от противници на режима. През 1950 година военното контраразузнаване е прехвърлено към Министерството на вътрешните работи като Отдел X на Държавна сигурност. По това време то има няколко подразделения, отговорни за различни части от армията – Генералният щаб, Кабинетът на министъра, тилът, Първа, Втора и Трета армия, Танковата дивизия, Военноморските сили.
През следващите десетилетия структурата на военното контраразузнаване продължава да следва тази на самата армия. Празникът е обявен през 1996 г. В края на 1999 г. управление „Военно контраразузнаване“ в МО става част от служба „Сигурност – Военна полиция и Военно контраразузнаване“ към министъра на отбраната. В резултат на реформа в системата на националната сигурност от 1 април 2008 г. военното контраразузнаване премина към новосформираната Държавна агенция „Национална сигурност“.